Volgens de Wereldgezondheidsorganisatie is salmonellabacterie wereldwijd een van de meest voorkomende oorzaken van door voedsel overgedragen ziekten. In de Verenigde Staten resulteren 1, 4 miljoen infecties in meer dan 150.000 doktersbezoeken, 15.000 ziekenhuisopnames en 500 doden per jaar. Hoewel salmonellavergiftiging meestal milde, zelf-beperkte gastro-enteritis ("salmonellose") veroorzaakt, kunnen in sommige gevallen langetermijneffecten optreden.
Metastatische infecties
In zeldzame gevallen ontsnapt salmonella uit de darm en komt het in de bloedbaan terecht. Bloedstroominfectie kan zelf fataal zijn en kan langdurige complicaties veroorzaken wanneer salmonella zich verspreidt (uitzaait) vanuit de bloedbaan om andere delen van het lichaam te infecteren. Voorbeelden van uitgezaaide salmonella-infecties zijn onder meer infectie van de hartkleppen en hartwand (endocarditis), het bot (osteomyelitis), de nieren (pyelonefritis) en andere zachte weefsels, waaronder de hersenen. Typisch zijn deze infecties langzaam groeiend en het duurt veel langer voordat ze verschijnen dan de 12 tot 72 uur geassocieerd met klassieke salmonella gastro-enteritis. Ze komen zelden voor bij gezonde volwassenen en komen veel vaker voor bij mensen met een gecompromitteerd immuunsysteem (zoals mensen met aids, kanker, sikkelcelanemie) of meerdere medische problemen.
Auto immuunziekte
Na blootstelling aan salmonella maakt het immuunsysteem antilichamen tegen de bacteriën. Helaas lijkt salmonellabacterie op een celoppervlaktemarker die bij veel mensen aanwezig is. Het resultaat is een auto-immuunziekte die het syndroom van Reiter veroorzaakt, dat chronische gewrichtspijn (artritis), oogirritatie (conjunctivitis met of zonder iritis) en problemen met urineren (urethritis) veroorzaakt. In een studie uit 2001, gepresenteerd in het tijdschrift Clinics in Infectious Disease, ontwikkelde bijna een derde van de mensen die besmet waren met Salmonella Dnteridis, een van de meest voorkomende salmonella-soorten, artritis die tot 6 maanden aanhield, en bijna 50 procent rapporteerde herhaling nadat de eerste aflevering was opgelost.
Chronische dragers
In sommige gevallen herstellen personen van salmonella-infectie om chronische dragers te worden. Het meest bekende voorbeeld van een menselijke chronische drager van salmonella is "Tyfus Mary". JW Leavitt's boek uit 1996 "Typhoid Mary: Captive to the Public's Health" vertelt het ware verhaal van de asymptomatische Iers-Amerikaanse kok in verband met 54 gevallen en vier doden in negen verschillende tyfuskoortsepidemieën in New York City begin 1900.
Tegenwoordig kunnen chronische dragerschapstoestanden meestal worden uitgeroeid met een uitgebreide antibioticakuur, hoewel individuen mogelijk worden onderworpen aan beperkingen op het soort werk dat ze tussentijds kunnen uitvoeren. De meeste chronische dragers zijn asymptomatisch. Patiënten met aids en andere soorten immuuncompromissen kunnen echter herhaaldelijk recidieven krijgen voordat antibiotica effectief zijn.